Alternative Splicing Tool

L’outil analyse l’épissage alternatif en lisant des comptés d’isoformes ou des abondances de transcrits sur les échantillons. Il calcule les valeurs PSI pour les événements d’inclusion des exons et fournit des métriques par événement qui révèlent les schémas d’utilisation des isoformes.
Conception: l’outil repose sur un modèle standard d’inclusion/exclusion, prend en charge les événements multi-isoformes, la normalisation et les annotations spécifiques à l’espèce. Il peut comparer des conditions pour identifier un épissage différentiel avec delta PSI et des heuristiques simples, tout en maintenant des workflows reproductibles.
Les bénéficiaires sont les biologistes moléculaires, les biologiens computationnels et les laboratoires réalisant des analyses RNA-seq ou des études de transcriptomique. La valeur unique réside dans des calculs transparents, des pipelines audités et des rapports exportables compatibles avec des analyses en aval.
Les fonctionnalités clés incluent le calcul du PSI, les rapports par événement, le filtrage d’événements, la gestion des métadonnées d’échantillon et l’export en CSV/JSON. Les cas d’utilisation couvrent l’épissage tissulaire spécifique, la réponse au traitement et les investigations de commutation d’isoformes; l’outil met l’accent sur une validation robuste et des hypothèses claires.