Alternative Splicing Tool

Værktøjet analyserer alternativ splejsning ved at indlæse isoform-counts eller transkript-abundancer over prøver. Det beregner PSI-værdier for exon-indslusionsbegivenheder og giver begivenhedsbaserede målinger, der viser isoform-brugs mønstre.
Koncepseud: Værktøjet bygger på en standard inklusions/exklusions-model, understøtter multi-isoform-begivenheder, normalisering og arts-specifikke annoteringer. Det kan sammenligne betingelser for at identificere differentialt splejsning med delta PSI og enkle heuristikker, mens reproducerbare arbejdsgange bevares.
Målgrupperne er molekylærbiologer, beregningsbiologer og laboratorier, der udfører RNA-seq-analyses eller transkriptom-studier. Værdi ligger i transparente beregninger, auditerbare pipelines og eksportérbare rapporter, der passer til downstream-analyses. Kernfunktioner: PSI-beregning, begivenhedsrapporter, begivenhedsfiltrering, håndtering af prøve-metadata og eksport i CSV/JSON. Anvendelser spænder fra vævsspecifik splejsning til behandlingsrespons og isoform-skift-undersøgelser; værktøjet lægger vægt på solid validering og klare antagelser.