Alternative Splicing Tool

Una herramienta web precisa para investigadores para analizar el splicing alternativo, estimar PSI y comparar el uso de isoformas entre condiciones.

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Sobre esta herramienta

La herramienta analiza el splicing alternativo al ingresar conteos de isoformas o abundancias de transcritos entre muestras. Calcula valores PSI para eventos de inclusión de exones y ofrece métricas por evento que revelan patrones de uso de isoformas.
Conceptualmente, la herramienta se basa en un modelo estándar de inclusión/exclusión, admite eventos multi-isoforma, normalización y anotaciones específicas de especie. Puede comparar condiciones para identificar splicing diferencial con delta PSI y heurísticas simples, manteniendo flujos de trabajo reproducibles.
Los beneficiarios incluyen biólogos moleculares, biólogos computacionales y laboratorios que realizan análisis de RNA-seq o estudios de transcriptómica. El valor único reside en cálculos transparentes, pipelines auditables y informes exportables compatibles con análisis posteriores. Funciones clave: cálculo de PSI, informes por evento, filtrado de eventos, manejo de metadatos de muestras y exportación en CSV/JSON. Casos de uso: splicing específico de tejido, respuesta a tratamientos e investigaciones de cambios de isoformas; la herramienta enfatiza validación robusta y suposiciones claras.

Cómo usar

  1. Proporcione entradas cargando o pegando conteos por muestras, especie y anotación.
  2. Configure los ajustes de cálculo de PSI y opciones de normalización.
  3. Ejecute el cálculo para obtener PSI, conteos de inclusión/exclusión y delta PSI.
  4. Revise las salidas; exporte informes o tablas de datos.
  5. Interprete los resultados con resúmenes por evento y visualizaciones.
How to use alternative splicing web tool

Frequently Asked Questions

Encuentre respuestas rápidas

¿Qué entradas se requieren?
Las entradas incluyen conteos de isoformas por muestra o abundancias de transcritos, una referencia de gen o transcrito, especie y un archivo de anotación compatible. Los metadatos opcionales pueden impulsar filtrado. Los datos pueden proporcionarse como CSV/TSV; la herramienta normaliza los conteos antes del cálculo de PSI.
¿Cómo se calcula PSI?
PSI se calcula como inclusión dividido por la suma de inclusión y exclusión. La herramienta usa un suave smoothing para evitar división por cero, reporta PSI por evento y almacena valores por muestra para cálculos de delta PSI.
¿Puedo comparar resultados entre condiciones?
Sí. La herramienta calcula delta PSI entre condiciones para cada evento y ofrece métricas de confianza básicas o umbrales heurísticos. Soporta comparaciones entre múltiples condiciones generando resúmenes por evento entre grupos de condiciones seleccionados.
¿Qué salidas se generan?
La herramienta exporta tablas por evento con PSI, conteos de inclusión/exclusión, delta PSI y métricas de significancia opcionales. Se proporcionan en CSV, TSV y JSON, además de informes resumidos para análisis downstream.

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