CGView Server

CGView Server visualiza mapas circulares do genoma a partir de dados de sequência para pesquisadores, permitindo anotações, personalização de cores e exportações escaláveis para visuais prontos para publicação.

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About This Tool

CGView Server gera mapas genômicos circulares a partir de dados de sequência e produz visuais escaláveis prontos para publicação para plasmídeos, cromossomos bacterianos e genomas organelares. Aceita entradas FASTA ou GenBank e suporta várias tipos de trilhas, como genes, conteúdo GC, GC skew e repetições. O motor de renderização calcula coordenadas angulares a partir de posições de pares de bases e posiciona as trilhas em anéis concêntricos com raios configuráveis e paletas de cores. Em essência, um único círculo genômico torna-se o referencial para características anotadas, cada característica mapeada para um segmento de arco na trilha designada. Usuários avançados podem salvar e reutilizar configurações para garantir reprodutibilidade entre experimentos. A ferramenta é valiosa para pesquisadores que preparam figuras para artigos, propostas de pesquisa ou portais de dados públicos, permitindo iteração rápida e visuais consistentes entre projetos. Enfatiza renderização determinística, suporta saída SVG para edição vetorial e oferece exportações PNG em resoluções selecionáveis para revisões rápidas. O diferencial está na combinação de lógica de layout circular em escala genômica, personalização flexível de trilhas e exports prontos para publicação em uma única interface web, minimizando o traçado manual e permitindo geração de figuras reproduzíveis para análises genômicas.

How to Use

Forneça entradas: faça upload de um arquivo FASTA ou GenBank ou cole dados de sequência; Escolha o método: selecione as trilhas a exibir e defina paletas de cores; Gere a visualização: crie o mapa circular do genoma; Revise os resultados: verifique posições de características e ajuste parâmetros conforme necessário; Exporte: baixe SVG para edição ou PNG para compartilhamento rápido.

How to use cgview server online tool

Frequently Asked Questions

Find Quick Answers

Quais formatos de dados são suportados?
Formatos de entrada suportados incluem FASTA e GenBank; sequências coladas são aceitas se houver anotações no formato GenBank. Na ausência de anotações, trilhas padrão são geradas para visualizar o contexto básico da sequência.
Posso personalizar cores e a ordem das trilhas?
Sim. Os usuários podem reordenar trilhas, ativar/desativar camadas específicas (genes, conteúdo GC, repetições) e aplicar paletas de cores ou cores hex personalizadas em cada trilha para um estilo consistente entre figuras.
Quais saídas estão disponíveis?
Exportações incluem SVG para edição vetorial e PNG em resoluções escolhidas. SVG mantém editabilidade para fluxos de publicação, enquanto PNG facilita compartilhamento rápido.
Existem limites de comprimento de sequência?
A ferramenta suporta plasmídeos típicos e genomas bacterianos; genomas muito longos podem levar a tempos de renderização mais longos ou exigir renderização em etapas. Espere tempos de processamento maiores para sequências de várias megabases.

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