CGView Server

CGView Server rend des cartes du génome circulaire à partir de données de séquence et produit des visuels évolutifs et prêts à la publication pour les plasmides, les chromosomes bactériens et les génomes organellaires. Il accepte les entrées FASTA ou GenBank et prend en charge plusieurs types de pistes tels que les gènes, le contenu GC, le biais GC et les répétitions. Le moteur de rendu calcule les coordonnées angulaires à partir des positions en paires de bases et dispose les pistes en anneaux concentriques avec des rayons et des palettes de couleurs configurables. Fondamentalement, un seul cercle du génome devient le cadre de référence pour les caractéristiques annotées, chaque caractéristique étant mappée à un segment d’arc sur la piste désignée. Les utilisateurs avancés peuvent sauvegarder et réutiliser des configurations pour garantir la reproductibilité entre les expériences. L’outil est précieux pour les chercheurs qui préparent des figures pour des articles, des propositions de subventions ou des portails de données publiques, permettant une itération rapide et des visuels cohérents entre les projets. Il met l’accent sur le rendu déterministe, prend en charge la sortie SVG pour l’édition vectorielle et propose des exportations PNG à des résolutions choisies pour des relectures rapides. La valeur unique réside dans la combinaison de la logique de mise en page circulaire à l’échelle du génome, la personnalisation flexible des pistes et les exports prêts pour publication dans une seule interface web, minimisant le traçage manuel et permettant la génération reproductible d’images pour les analyses du génome.