IGV Web Tool

IGV Web Tool genera in tempo reale reads allineati, varianti e tracce di annotazione direttamente nel browser. Gli utenti caricano dati BAM/CRAM, VCF, BED/BigWig per una build genomica e una regionea scelta. Supporta viste multi-traccia, query basate su coordinate e caching lato client per un’esplorazione fluida. I dati sono concettualmente trasmessi o aperti da file locali, decodificati e visualizzati come barre di copertura, layout di lettura e marcatori di varianti. Lo strumento enfatizza ispezioni rapide, riproducibilità e condivisione facile delle visualizzazioni tra ricercatori. Il valore unico deriva dall’operazione nativa del browser, dal supporto per fonti dati remote e dalle esportazioni leggere per figure o configurazioni. Funzionalità principali: (1) navigazione per coordinate, (2) rendering multi-traccia, (3) filtraggio di base per qualità o allele, (4) accesso dati locali e remoti, (5) configurazione per traccia e codifica colori, (6) esportazione della vista corrente in JSON o immagine, (7) query basate su regioni per controlli rapidi tra campioni. Casi d’uso: controlli QC su run di sequencing, validazione di varianti in un intervallo genomico e preparazione di visuali per report o pubblicazioni. Lo strumento è progettato per ricercatori, clinici e gestori dati che necessitano di una visualizzazione rapida senza installazione e con privacy dei dati nel browser. Le prestazioni sono ottimizzate per dimensioni di dati moderate e streaming di segmenti da server remoti quando supportato.