IGV Web Tool

IGV Web Tool rend des lectures alignées, des variantes et des pistes d’annotation directement dans le navigateur. Les utilisateurs chargent des données BAM/CRAM, VCF, BED/BigWig pour une construction génomique et une région choisies. Il prend en charge les vues multi-pistes, les requêtes basées sur les coordonnées et la mise en cache côté client pour une exploration fluide. Conceptuellement, les données sont diffusées ou ouvertes à partir de fichiers locaux, décodées et visualisées sous forme de barres de couverture, de dispositions de lectures et de marqueurs de variantes. L’outil met l’accent sur une inspection rapide, la reproductibilité et le partage facile des vues entre chercheurs. Sa valeur réside dans son fonctionnement directement dans le navigateur, le support des sources de données distantes et des options d’export léger pour les figures ou configurations. Fonctions principales: (1) navigation par coordonnées, (2) rendu multi-pistes, (3) filtrage de base selon la qualité ou l’allèle, (4) accès local et à distance aux données, (5) configuration par piste et codage couleur, (6) export de la vue actuelle en JSON ou image, (7) requêtes basées sur les régions pour des vérifications rapides entre échantillons. Cas d’usage: contrôles qualité sur les runs de séquençage, validation des variantes dans une intervalle génomique et préparation de graphiques pour rapports ou publications. L’outil est conçu pour les chercheurs, cliniciens et responsables de données qui nécessitent une visualisation rapide sans installation et une préservation de la confidentialité des données dans le navigateur. Les performances sont optimisées pour des tailles de données modérées et le streaming de segments depuis des serveurs distants lorsque pris en charge.