PsRNATarget Web Tool

PsRNATarget Web Tool analyserar växt-RNA-sekvenser för att uppskatta tillgänglighet och vägleda designbeslut. Det accepterar användardefinierade transkriptsekvenser och artidentifierare, beräknar sedan en plats-nivå tillgänglighetspoäng och markerar högpotentiala målregioner för tystnad eller redigering.
Konceptuell metod: Verktyget använder lätta heuristiker för att approximera RNA-tillgänglighet, kombinerar sekvensegenskaper, GC-balans och en enkel proxy för sekundärstruktur. Det utför alternativt Off-Target-screening mot en användarplockad referensuppsättning och levererar per-site poäng samt en sammanfattning.
Vilka som gynnas: växtforskare, undervisare och biotech-team; användningsfall inkluderar val av siRNA/shRNA-mål, utformning av Guide-RNAs för CRISPR-baserad transkriptmål, och skapande av undervisningsdataset. Unik nytta: snabb lokal tillgänglighetsbedömning utan externa data, bulk-export och pipeline-vänlig utskrift.
Kärnfunktioner & användningsfall: inmatningar inkluderar sekvens, art och valfri referensuppsättning; utdata inkluderar accessibility_score (0-1), rekommenderade_positioner, GC-innehåll och CSV/JSON-export; avancerade funktioner inkluderar justerbar fönsterstorlek, viktning av poäng och API-åtkomst för automatisering.