PsRNATarget Web Tool

Lo PsRNATarget Web Tool analizza sequenze di RNA vegetale per stimare l'accessibilità e guidare le decisioni di progettazione. Accetta sequenze di trascritti fornite dall'utente e identificatori di specie, poi calcola un punteggio di accessibilità a livello di sito e segnala regioni mirate ad alto potenziale per silenziamento o editing.
Approccio concettuale: lo strumento applica euristiche leggere per approssimare l'accessibilità dell'RNA, combinando caratteristiche della sequenza, equilibrio GC e un proxy semplice per la struttura secondaria. Esegue opzionalmente lo screening Off-Target contro un insieme di riferimento fornito dall'utente e restituisce punteggi per sito e un riassunto conciso.
Chi ne trae beneficio: scienziati delle piante, educatori e team biotech; casi d'uso includono selezione di bersagli siRNA/shRNA, progettazione di guide RNA per CRISPR basato su trascritti e creazione di set di dati didattici. Valore unico: valutazione rapida locale dell'accessibilità senza dati esterni, esportazione in batch e output adatto a pipeline.
Funzionalità chiave e casi d'uso: input includono sequenza, specie e set di riferimenti opzionale; output includono accessibility_score (0-1), posizioni consigliate, contenuto GC e esportazione CSV/JSON; funzioni avanzate includono dimensione finestra regolabile, pesi per la valutazione e accesso API per automazione.