PsRNATarget Web Tool

L'outil Web PsRNATarget analyse les séquences d'ARN végétales pour estimer l'accessibilité et guider les décisions de conception. Il accepte des séquences de transcrits fournies par l'utilisateur et des identifiants d'espèces, puis calcule une évaluation d'accessibilité par site et signale des régions cibles à fort potentiel pour le silencing ou l'édition.
Approche conceptuelle: l'outil applique des heuristiques légères pour estimer l'accessibilité de l'ARN, en combinant des caractéristiques de séquence, l'équilibre GC et un proxy simple de la structure secondaire. Il effectue éventuellement un dépistage hors-cibles contre un ensemble de référence fourni par l'utilisateur et renvoie des scores par site et un résumé concis.
Bénéficiaires: scientifiques des plantes, enseignants et équipes biotech; cas d'utilisation: sélection de cibles siRNA/shRNA, conception de guides CRISPR pour ciblage de transcrits et création de jeux de données pédagogiques. Valeur unique: évaluation rapide locale sans données externes, export par lots et sorties adaptées aux pipelines.
Fonctions clés et cas d'utilisation: entrées incluent séquence, espèce et ensemble de référence optionnel; sorties incluent accessibility_score (0-1), positions_recommandées, teneur GC et export CSV/JSON; fonctions avancées incluent taille de fenêtre ajustable, pondérations des scores et accès API pour l'automatisation.