PsRNATarget Web Tool

La PsRNATarget Web Tool analiza secuencias de RNA vegetal para estimar la accesibilidad y guiar decisiones de diseño. Acepta secuencias de transcritos proporcionadas por el usuario e identificadores de especies, luego calcula una puntuación de accesibilidad por sitio y señala regiones objetivo de alto potencial para silenciar o editar.
Enfoque conceptual: la herramienta aplica heurísticas ligeras para estimar la accesibilidad del RNA, combinando características de secuencia, equilibrio GC y un proxy simple de la estructura secundaria. Realiza opcional Off-Target screening contra un conjunto de referencia proporcionado por el usuario y devuelve puntuaciones por sitio y un resumen conciso.
Beneficiarios: científicos de plantas, docentes y equipos biotech; casos de uso incluyen seleccionar objetivos de siRNA/shRNA, diseñar guías de CRISPR para dirigido a transcritos y crear conjuntos de datos para enseñanza. Valor único: puntuación de accesibilidad rápida local sin datos externos, exportación por lotes y salidas adecuadas para pipelines.
Funciones centrales y casos de uso: entradas incluyen secuencia, especie y conjunto de referencia opcional; salidas incluyen accessibility_score (0-1), posiciones_recomendadas, contenido GC y export CSV/JSON; funciones avanzadas incluyen tamaño de ventana ajustable, ponderaciones para la puntuación y acceso API para automatización.