PsRNATarget Web Tool

De PsRNATarget Web Tool analyseert planten-RNA-sequenties om toegankelijkheid te schatten en ontwerpbeslissingen te begeleiden. Het accepteert door de gebruiker opgegeven transcript-sequenties en soortidentificaties, berekent vervolgens een site-niveau toegankelijkheids-score en markeert regio's met hoog potentieel voor silencen of bewerken.
Conceptuele aanpak: de tool past lichte heuristieken toe om RNA-toegankelijkheid te benaderen, combineert sequentiekenmerken, GC-balans en een eenvoudige proxy voor de secundaire structuur. Het voert optioneel off-target screening uit tegen een door de gebruiker opgegeven referentiebundel en levert per-site scores en een beknopte samenvatting.
Wie baat erbij: plantenwetenschappers, docenten, biotech-teams; use cases omvatten selectie van siRNA/shRNA-doelen, ontwerp van Guide-RNAs voor CRISPR-gebaseerde transcriptdoelen en het maken van lesdatasets. Unieke waarde: snelle lokale toegankelijkheidsmeting zonder externe data, batch-export en pipeline-vriendelijke uitvoer.
Kernfuncties & use cases: invoer omvat sequentie, soort en optionele referentieset; uitvoer omvat accessibility_score (0-1), aanbevolen_posities, GC-inhoud en CSV/JSON-export; geavanceerde functies omvatten instelbare venstermaat, wegingen voor scoring en API-toegang voor automatisering.