PsRNATarget Web Tool

PsRNATarget Web Tool analyserer plante-RNA-sekvenser for at estimere tilgængelighed og vejlede designbeslutninger. Det accepterer brugerens transkript-sekvenser og artsidentifikatorer og beregner derefter en sites-niveau tilgængelighedsscore og markerer højpotentiale målregioner til silencing eller redigering.
Konceptuel tilgang: Værktøjet anvender lette heuristikker til at estimere RNA-tilgængelighed, kombinerer sekvens-egenskaber, GC-balance og en enkel proxy for sekundær struktur. Det udfører optionalt Off-Target-screening mod et brugerudvalgt reference sæt og leverer per-site scores samt et kort resumé.
Hvem drager fordel af det: planteforskere, undervisere og biotech-teams; anvendelsestilfælde inkluderer valg af siRNA/shRNA-mål, udformning af Guide-RNAs til CRISPR-baseret transkriptmål og oprettelse af undervisningsdatasæt. Unik værdi: hurtig lokal tilgængelighedsvurdering uden eksterne data, batch-eksport og pipeline-venlig output.
Kernfunktioner & brugscases: input inkluderer sekvens, art og valgfri reference sæt; output inkluderer accessibility_score (0-1), anbefalede_positioner, GC-indhold og CSV/JSON-eksport; avancerede funktioner inkluderer justerbar vinduesstørrelse, vægtning af scoring og API-adgang til automatisering.