PsRNATarget Web Tool

A PsRNATarget Web Tool analisa sequências de RNA de plantas para estimar a acessibilidade e guiar decisões de design. Aceita sequências de transcritos fornecidas pelo usuário e identificadores de espécie, em seguida calcula uma pontuação de acessibilidade por site e sinaliza regiões-alvo com alto potencial para silenciamento ou edição.
Abordagem conceitual: a ferramenta aplica heurísticas leves para estimar a acessibilidade do RNA, combinando características de sequência, equilíbrio GC e um proxy simples da estrutura secundária. Realiza checagem off-target opcional contra um conjunto de referência fornecido pelo usuário e retorna pontuações por site e um resumo conciso.
Beneficiários: cientistas de plantas, educadores e equipes biotech; casos de uso incluem a seleção de alvos de siRNA/shRNA, desenho de guias de CRISPR para direcionar transcritos e criação de conjuntos de dados didáticos. Valor único: avaliação rápida local de acessibilidade sem dados externos, exportação por lote e saídas adequadas a pipelines.
Funções centrais e casos de uso: entradas incluem sequência, espécie e conjunto de referência opcional; saídas incluem accessibility_score (0-1), posições_recomendadas, conteúdo de GC e exportação CSV/JSON; funções avançadas incluem tamanho de janela ajustável, pesos de pontuação e acesso API para automação.