MzIdentML Converter

Converte identificazioni mzIdentML in CSV, TSV o JSON per analisi e report successivi.

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Informazioni su questo strumento

Il mzIdentML Converter legge i file mzIdentML e produce tabelle pronte per l’analisi. Standardizza i nomi dei campi per le identificazioni, comprese sequenze di peptidi, riferimenti proteici, punteggi e modificazioni, in modo che i risultati possano essere inseriti in analisi e repository successivi. Concettualmente lo strumento analizza la struttura mzIdentML, estrae PSM e mapping proteine, e li ri-esporta in formati piatti facili da unire ad altre fonti di dati. Supporta flussi di lavoro singoli e batch e conserva metadati di provenienza come motore di ricerca e criteri di filtraggio. Gli utenti beneficiano di un percorso di esportazione coerente che riduce la rielaborazione manuale e migliora la riproducibilità nei progetti. Funzioni chiave includono validazione dello schema, mapping dei campi, gestione dei decoy e riferimento opzionale a database proteici. Il convertitore è progettato per pipeline riproducibili e offre opzioni per personalizzare colonne visibili, includere informazioni dettagliate sulle modifiche ed esportare in diversi formati per le diverse fasi analitiche. Casi d’uso tipici includono la preparazione dei dati per analisi statistiche, l’invio di identificazioni a repository pubblici o alimentare dashboard con risultati aggiornati. Lo strumento enfatizza reporting degli errori robusto, tracciabilità e compatibilità con le versioni mzIdentML 1.2 e 1.4, consentendo agli scienziati di scambiare dati preservando metadati e punteggi critici.

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Come usare

1. Carica il file mzIdentML e seleziona il formato di output desiderato (CSV, TSV o JSON)
2. Imposta controlli opzionali: include_decoys, max_records e un percorso opzionale per proteindb per mapping di riferimento
3. Esegui la conversione per generare il file di output e un riassunto
4. Scarica il file convertito e verifica il rapporto di riepilogo per completezza
5. Integra gli output nelle analisi a valle o nei repository di dati

FAQ/Risorse aggiuntive

Trova risposte rapide

Quali formati di output sono supportati?

Valida mzIdentML contro lo schema?

È possibile elaborare più file in batch?

Decoy e dati di modifiche conservati?

Recensioni degli utenti

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