MzIdentML Converter

Convertit les identifications mzIdentML en CSV, TSV ou JSON pour analyses et rapports en bioinformatique.

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À propos de cet outil

Le mzIdentML Converter lit les fichiers mzIdentML et produit des tableaux prêts pour l’analyse. Il normalise les noms de champs pour les identifications, y compris les séquences peptidiques, les références protéiques, les scores et les modifications, afin que les résultats puissent être intégrés dans des analyses et dépôts en aval. Conceptuellement, l’outil analyse la structure mzIdentML, extrait les PSM et les associations protéine, et les réexporte dans des formats plats faciles à joindre à d’autres sources. Il prend en charge les flux de travail simples et par lots et préserve les métadonnées de provenance telles que le moteur de recherche et les critères de filtrage. Les utilisateurs bénéficient d’un chemin d’export cohérent qui réduit le réformatage manuel et améliore la reproductibilité entre projets. Fonctions clés: validation de schéma, mapping des champs, gestion des décoys et référence optionnelle à une base protéique. Le convertisseur est conçu pour des pipelines reproductibles et offre des options pour personnaliser les colonnes visibles, inclure des informations détaillées sur les modifications et exporter dans plusieurs formats selon l’étape d’analyse. Cas d’usage typiques: préparation des données pour analyses statistiques, soumission d’identifications à des dépôts publics, ou alimentation de tableaux de bord avec des résultats à jour. L’outil met l’accent sur un reporting d’erreurs robuste, traçabilité et compatibilité avec mzIdentML versions 1.2 et 1.4, permettant l’échange de données tout en préservant les métadonnées et les scores critiques.

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Comment utiliser

1. Téléchargez votre fichier mzIdentML et choisissez le format de sortie souhaité (CSV, TSV ou JSON)
2. Définissez les paramètres optionnels: include_decoys, max_records et chemin optionnel vers la protéine_db pour le mappage de référence
3. Lancez la conversion pour générer le fichier de sortie et le résumé
4. Téléchargez le fichier converti et consultez le rapport résumé pour vérifier l’exhaustivité
5. Intégrez les sorties dans les analyses en aval ou les dépôts de données

FAQ/Ressources supplémentaires

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Quels formats de sortie sont pris en charge ?

Valide-t-il mzIdentML par rapport au schéma ?

Puis-je traiter plusieurs fichiers en batch ?

Les données decoy et modification sont-elles conservées ?

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