WGCNA Web Tool

A WGCNA Web Tool oferece um fluxo de trabalho baseado em servidor para derivar estruturas modulares a partir de dados de expressão gênica em massa. Aceita uma matriz de expressão com genes em linhas e amostras em colunas, com anotações fenotípicas opcionais. O foco é identificar módulos de co-expressão, calcular os eigengenes dos módulos e avaliar associações com traços para revelar padrões biologicamente significativos. O público-alvo inclui biólogos moleculares, pesquisadores genômicos e cientistas de dados que buscam insights reprodutíveis baseados em módulos sem precisar codificar pipelines personalizados.
A lógica de domínio e os recursos incluem um pipeline reproduzível que constrói uma matriz de adjacência ponderada usando uma potência de limiar suave fornecida pelo usuário, deriva uma matriz de sobreposição topológica (TOM), realiza clustering hierárquico e aplica cortes dinâmicos de árvore para definir módulos. Etapas opcionais incluem fusão de módulos adjacentes, escolha entre redes com sinais ou sem sinais e avaliação da preservação entre conjuntos de dados. Usuários avançados podem ajustar limiares, realizar análises de sensibilidade ou exportar listas de genes e genes hub.
As saídas incluem listas de genes por módulo, eigengenes de módulo, correlações módulo-traço, valores-p de associações módulo-traço, candidatos hub e arquivos CSV/JSON exportáveis para análise subsequente. A ferramenta enfatiza a reprodutibilidade com sementes fixas, registro de parâmetros e trilha de auditoria. Suporta grandes conjuntos de dados por processamento escalável e streaming quando possível. Na prática, pesquisadores utilizam para comparar arquiteturas de rede entre condições, identificar módulos biologicamente coerentes e priorizar hub-gene para validação experimental. Em conjunto, acelera a descoberta de módulos, a interpretação de associações trait-módulo e a comparação entre estudos sem necessidade de pipelines de análise personalizados.