WGCNA Web Tool

Lo Strumento Web WGCNA fornisce un flusso di lavoro basato su server per derivare strutture modulari dai dati di espressione genica in bulk. Accetta una matrice di espressione con geni in righe e campioni in colonne, con eventuali annotazioni fenotipiche. L’obiettivo è identificare moduli di co-espressione, calcolare gli eigengene dei moduli e valutare associazioni con tratti per rivelare modelli biologicamente significativi. Il pubblico è costituito da biologi molecolari, ricercatori genetici e data scientist che cercano intuizioni riproducibili basate su moduli senza dover scrivere pipeline personalizzate.
La logica di dominio e le funzionalità includono una pipeline riproducibile che costruisce una matrice di adiacenza ponderata utilizzando una potenza di soglia morbida indicata dall’utente, deriva una matrice di sovrapposizione topologica (TOM), esegue clustering gerarchico e applica taglio dinamico ad albero per definire moduli. Passi opzionali includono fusione di moduli adiacenti, scelta tra reti firmate o non firmate e valutazione della preservazione tra dataset. Utenti avanzati possono modificare soglie, eseguire analisi di sensibilità o esportare liste di geni e hub-gener.
Le uscite includono liste di geni per modulo, eigengene dei moduli, correlazioni modulo-trait, valori-p delle associazioni modulo-trait, candidati hub-gener e file CSV/JSON esportabili per analisi successive. Lo strumento enfatizza la riproducibilità con semi fissi, logging parametri e audit trail. Supporta grandi set di dati tramite elaborazione scalabile e streaming quando possibile. In pratica, i ricercatori lo utilizzano per confrontare architetture di rete tra condizioni, identificare moduli biologicamente coerenti e dare priorità ai hub-gen per validazione sperimentale. In sintesi, WGCNA Web Tool accelera la scoperta di moduli, l’interpretazione delle associazioni trait-modulo e il confronto tra studi senza dover scrivere pipeline di analisi personalizzate.