WGCNA Web Tool

WGCNA Web Tool tilbyder en serverbaseret arbejdsgang til at udlede modulære strukturer fra bulk-genudtryk data. Den accepterer en genudtryksmatrix med gener som rækker og prøver som kolonner, eventuelle fenotypeannoteringer. Fokus ligger på identifikation af koexpressionsmoduler, beregning af module eigengenes og vurdering af sammenhænge med egenskaber for at afdække biologisk meningsfulde mønstre. Mågruppen omfatter molekylære biologer, genomforskere og data scientists, der søger reproducerbare modulbaserede indsigter uden at kode.
Domænelogik og funktioner inkluderer en reproducerbar pipeline, der bygger en vægtet adjacens-matrix ved brug af en brugerdefineret soft-threshold-power, udleder en topologisk overlap-matrix (TOM), udfører hierarkisk clustering og anvender dynamisk træ-cutting til at definere moduler. Valgfrie trin omfatter sammenslådning af tilstødende moduler, valg mellem signede eller unsigned netværk og vurdering af bevaring mellem datasæt. Avancerede brugere kan justere tærskler, gennemføre følsomhedsanalyser eller eksportere gene-lister og hub-gener.
Output består af per-modul gene-lister, modul-Eigengene, trait-modul korrelationer, p-værdier for modulet trait-samband, hub-gene-kandidater og eksportbare CSV/JSON-filer til videre analyse. Værktøjet lægger vægt på reproducerbarhed med faste frø, parameterlogføring og en revisionsspor. Det understøtter store datasæt via skalerbar behandling og streaming, hvor det er muligt. I praksis bruges det til at sammenligne netværksarkitekturer mellem tilstande, identificere biologisk kohærente moduler og prioritere hub-gener til eksperimentel validering. Samlet set fremskynder WGCNA Web Tool modulopdagelse, fortolkning af trait-modul-samband og sammenligning mellem studier uden behov for at skrive egne analyse-pipelines.