WGCNA Web Tool

WGCNA Web Tool tilbyr en serverbasert arbeidsflyt for å utlede modulære strukturer fra bulk-genuttrykksdata. Den aksepterer en genuttrykksmatrise med gener som rader og prøver som kolonner, med valgfri fenotypeannotering. Fokus er identifisering av koexpressjon-moduler, beregning av modul-Eigengene og vurdering av sammenhenger med egenskaper for å avdekke biologisk meningsfulle mønstre. Målgruppen inkluderer molekylære biologer, genomforskere og data scientists som søker reproducerbare modulbaserte innsikter uten koding.
Domene-logikk og funksjoner inkluderer en reproducerbar pipeline som bygger en vekta Adjacency-matriks ved hjelp av en bruker-angitt soft-threshold-power, henter en Topologisk Overlaps-matriks (TOM), utfører hierarkisk clustering og anvender dynamisk tre-kutting for å definere moduler. Valgbare trinn inkluderer sammenslåing av tilstøtende moduler, valg mellom signerte eller unsigned nettverk og vurdering av bevaring mellom datasett. Avanserte brukere kan justere terskler, utføre følsomhetsanalyser eller eksportere gen-lister og hub-gener.
Resultater består av per-modul genlister, modul-Eigengene, modul-trait korrelasjoner, p-verdier for modul-trait forhold, hub-gen-kandidater og eksportbare CSV/JSON-filer for videre analyse. Verktøyet vektlegger reproduksjon med faste frø, parameterlogg og revisjonsspor. Det støtter store datasett via skalerbar behandling og streaming der det er mulig. I praksis brukes det til å sammenligne nettverksarkitekturer mellom tilstander, identifisere biologisk koherente moduler og prioritere hub-gener for eksperimentell validering. Totalt sett fremskynder WGCNA Web Tool moduloppdagelse, tolkning av trait-modul-samband og kryss-studie sammenligning uten behov for å skrive egne analyse-pipelines.