WGCNA Web Tool

La Herramienta Web WGCNA ofrece un flujo de trabajo basado en servidor para derivar estructuras modulares a partir de datos de expresión génica a granel. Acepta una matriz de expresión con genes en filas y muestras en columnas, con anotaciones fenotípicas opcionales. Se centra en la identificación de módulos de coexpresión, el cálculo de eigengenes de módulo y la evaluación de asociaciones con rasgos para revelar patrones biológicamente significativos. El público objetivo incluye biólogos moleculares, investigadores genómicos y científicos de datos que buscan conocimientos reproducibles basados en módulos sin codificar pipelines personalizados.
La lógica de dominio y las características incluyen una tubería reproducible que construye una matriz de adyacencia ponderada utilizando una potencia de umbral suave indicada por el usuario, deriva una matriz de superposición topológica (TOM), realiza clustering jerárquico y aplica recorte dinámico de árboles para definir módulos. Pasos opcionales incluyen fusionar módulos adyacentes, elegir entre redes firmadas o no firmadas y evaluar la preservación entre conjuntos de datos. Usuarios avanzados pueden ajustar umbrales, realizar análisis de sensibilidad o exportar listas de genes y genes hub.
Las salidas comprenden listas de genes por módulo, eigengenes de módulo, correlaciones módulo-trait, valores-p de asociaciones módulo-trait, candidatos hub y archivos CSV/JSON exportables para análisis posteriores. La herramienta enfatiza reproducibilidad con semillas fijas, registro de parámetros y una pista de auditoría. Soporta grandes conjuntos de datos mediante procesamiento escalable y streaming cuando es posible. En la práctica, los investigadores la utilizan para comparar arquitecturas de red entre condiciones, identificar módulos biológicamente coherentes y priorizar genes hub para validación experimental. En conjunto, acelera el descubrimiento de módulos, la interpretación de asociaciones trait-módulo y la comparación entre estudios sin necesidad de crear pipelines de análisis desde cero.