WGCNA Web Tool

WGCNA Web Tool biedt een server-gebaseerde workflow om modulaire structuren af te leiden uit bulk-genexpressie data. Het accepteert een genexpressie-matrix met genen als rijen en monsters als kolommen, optionele fenotype-annotaties. De focus ligt op het identificeren van co-expressie-modules, het berekenen van module eigengenes en het beoordelen van associaties met eigenschappen om biologisch betekenisvolle patronen te onthullen. De doelgroep omvat moleculaire biologen, genetische onderzoekers en data scientists die reproduceerbare module-gebaseerde inzichten zonder coderen willen.
De domeinlogica en functies omvatten een reproduceerbare pijplijn die een gewogen adjacency-matrix bouwt met een door de gebruiker opgegeven soft-threshold-power, een topologische overlap-matrix (TOM) afleidt, hiërarchische clustering uitvoert en dynamische boom-cutting toepast om modules te definiëren. Optionele stappen omvatten het samenvoegen van aangrenzende modules, het kiezen tussen signed of unsigned netwerken en het beoordelen van preservatie tussen datasets. Gevorderde gebruikers kunnen drempels aanpassen, gevoeligheidsanalyses uitvoeren of gen-lijsten en hub-genen exporteren.
Uitvoer bestaat uit per-module gen-lijsten, module eigengenes, module-trait correlaties, p-waarden voor module-trait associaties, hub-gen kandidaten en exporteerbare CSV/JSON bestanden voor downstream analyse. De tool benadrukt reproduceerbaarheid met vaste zaden, parametergeschiedenis en audit trail. Het ondersteunt grote datasets via schaalbare verwerking en streaming waar mogelijk. In de praktijk gebruiken onderzoekers het om netwerk-structuren tussen condities te vergelijken, biologisch coherente modules te identificeren en hub-genen voor experimentele validatie te prioriteren. Almetegens versnelt WGCNA Web Tool modulendetectie, trait-module interpretatie en cross-study vergelijking zonder eigen analyse-pipelines te schrijven.