Video In Vivo Toolbox

L'outil importe une vidéo depuis le jeu de données de l'utilisateur et analyse une fenêtre temporelle définie pour calculer les métriques d'imagerie principales. Il prend en charge des définitions de ROI optionnelles et plusieurs modes d'analyse, y compris la luminosité, le mouvement et les intensités basées sur le ROI. Les sorties incluent la durée, le taux d'images et les statistiques par ROI, facilitant une imagerie cohérente entre les expériences. Il est conçu pour les flux de travail in vivo où le contrôle du timing et la zone d'intérêt doivent être mesurés pour la comparaison ou le QA. En coulisse, l'outil lit les frames, les convertit dans un espace couleur cohérent et calcule des métriques basées sur la luminance. Le mouvement est quantifié par les différences frame-à-frame, normalisées par le nombre de frames. Si des canaux de fluorescence existent, des statistiques spécifiques au canal sont calculées dans chaque ROI. Des vérifications garantissent que start_time et end_time définissent une fenêtre valide et que les coordonnées ROI se situent à l'intérieur des limites du cadre. Les données manquantes ou les codecs non pris en charge produisent des signaux d'erreur structurés plutôt que des messages d'interface utilisateur. Les bénéficiaires incluent les facilities d'imagerie, les laboratoires de bio-ingénierie et les chercheurs menant des études in vivo longitudinales. L'outil offre des métriques reproductibles, des pistes d'audit et des options d'exportation simples, réduisant les calculs manuels et facilitant les comparaisons entre études. Sa valeur unique réside dans le support ROI orienté in vivo, la gestion robuste des formats vidéo biomédicaux courants et un rapport JSON compact, adapté aux pipelines automatisés.