CGR Viewer

Destinado a pesquisadores e educadores, o CGR Viewer visualiza dados de Chaos Game Representation a partir de sequências de nucleotídeos para análises rápidas e informativas.

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About This Tool

O CGR Viewer processa sequências de nucleotídeos para gerar gráficos de Chaos Game Representation. Aceita uma string FASTA ou uma URL de dados e produz uma visualização escalável para análises exploratórias e figuras prontas para publicação.
Conceitualmente, o CGR codifica a composição da sequência mapeando iterativamente k-mers em pontos dentro de um quadrado unitário. Densidade de pontos reflete motivos e estrutura da sequência, revelando repetições e padrões entre amostras.
Os usuários se beneficiam de um fluxo de trabalho determinístico, suporte para várias amostras e opções de exportação simples. Usuários avançados podem ajustar k, esquemas de cores e normalização para destacar diferentes características ou integrar com pipelines via uma URL de renderização estável no estilo API.
Principais recursos: sobreposição de várias amostras em uma escala comum, k configurável (1–6), exportações SVG e PNG, renderização determinística para reprodutibilidade em análises e ensino. Casos de uso típicos: comparação de genomas, validação de diversidade de sequências e criação de visuais para relatórios.

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How to Use

Fornecer entradas: input_source e k;
Configurar opções: definir esquema de cores, ativar fontes de sobreposição conforme necessário;
Executar renderização: gerar render_svg/render_url;
Verificar saídas: revisar detalhes;
Exportar/Compartilhar: baixar SVG/PNG ou copiar URL de renderização.

Frequently Asked Questions

Find Quick Answers

Quais formatos de entrada são suportados?

A ferramenta aceita strings FASTA ou URLs de dados contendo sequências de nucleotídeos. As entradas devem usar A, C, G, T (maiúsculas) para o mapeamento CGR padrão. Ambiguidades podem ser suportadas se configuradas; caso contrário, caracteres inválidos geram erro de validação.

Posso sobrepor várias amostras?

Sim. Sobreposição suporta várias fontes na k e escala comuns. Densidades são codificadas por cor por fonte e normalizadas a um máximo comum para permitir comparação visual direta.

Quais formatos de exportação estão disponíveis?

Exportações incluem SVG por padrão e PNG com resolução configurável. SVG é vetorial para publicações; PNG suporta transparência e opções DPI quando disponíveis.

Meus dados são privados?

Uploads são processados temporariamente no servidor. Não há armazenamento a longo prazo a menos que o usuário salve explicitamente os resultados. O processamento segue práticas de privacidade padrão para processamento temporário.

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