CGR Viewer

CGR Viewer traite les séquences nucléotidiques pour générer des graphiques de Chaos Game Representation. Il accepte une chaîne FASTA ou une URL de données et produit une visualisation évolutive adaptée à l’exploration et aux figures destinées à la publication.
Conception: CGR encode la composition de la séquence en mappant itérativement des k-mers sur des points dans un carré unitaire. La densité des regroupements reflète la présence de motifs et la structure de la séquence, révélant des répétitions, des biais et des motifs comparatifs entre échantillons.
Les utilisateurs bénéficient d’un pipeline déterministe, du support de plusieurs échantillons et d’options d’export simples. Les utilisateurs avancés peuvent ajuster k, les schémas de couleur et la normalisation pour mettre en évidence différentes caractéristiques, ou s’intégrer dans des pipelines via une URL de rendu API-like stable.
Les fonctionnalités clés incluent des superpositions multi-échantillons sur une échelle commune, un k configurable (1–6), des exports SVG et PNG, et un rendu déterministe adapté à la reproductibilité pour les analyses et l’enseignement. Cas d’usage typiques : comparaison de génomes, validation de la diversité de séquences et création de visuels pour rapports.