CGR Viewer

Destinato a ricercatori ed educatori, CGR Viewer visualizza i dati di Chaos Game Representation da sequenze di nucleotide per analisi rapide e informative.

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Informazioni su questo strumento

CGR Viewer elabora sequenze di nucleotide per generare grafici di Chaos Game Representation. Accetta una stringa FASTA o un URL di dati e produce una visualizzazione scalabile per analisi esplorative e figure pronte per la pubblicazione.
Concettualmente, CGR codifica la composizione della sequenza mappando iterativamente i k-mers su punti all'interno di un quadrato unitario. La densità dei cluster riflette motivi e struttura della sequenza, rivelando ripetizioni e schemi tra campioni.
Gli utenti beneficiano di una pipeline deterministica, supporto per più campioni e opzioni di esportazione semplici. Gli utenti avanzati possono regolare k, schemi di colore e normalizzazione per evidenziare diverse caratteristiche o integrarsi in pipeline tramite una URL di rendering in stile API stabile.
Funzionalità chiave: overlay multi-sample su scala comune, k configurabile (1–6), esportazioni SVG e PNG e rendering deterministico per riproducibilità in analisi ed insegnamento. Casi d’uso tipici: confronti genomici, validazione della diversità di sequenze e creazione di visuals per report.

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Come usare

Fornire input: input_source e k;
Configurare opzioni: definire schema colori, attivare overlay se necessario;
Eseguire rendering: genera render_svg/render_url;
Controllare uscite: verificare dettagli;
Esportare/condividere: salva SVG/PNG o copia render-URL.

Frequently Asked Questions

Trova risposte rapide

Quali formati di input sono supportati?

L’outil accetta stringhe FASTA o URL di dati contenenti sequenze di nucleotide. Le entry devono utilizzare A, C, G, T (maiuscole) per la mappatura CGR standard. Incertezze possono essere supportate se configurate; altrimenti caratteri non validi causano errori di validazione.

Posso sovrapporre più campioni?

Sì. Overlay consente più fonti sulla stessa k e scala. La densità è codificata per fonte e normalizzata a un massimo comune per confronti visivi diretti.

Quali opzioni di esportazione sono disponibili?

Esportazioni includono SVG di default e PNG con risoluzione selezionabile. SVG è vettoriale per pubblicazioni; PNG supporta trasparenza e impostazioni DPI dove disponibili.

I miei dati sono privati?

Gli upload vengono elaborati temporaneamente sul server. Nessuna conservazione a lungo termine a meno che l’utente non salvi esplicitamente i risultati. Il trattamento segue pratiche di privacy standard per l’elaborazione temporanea.

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