CGR Viewer

Für Forscher und Lehrkräfte: CGR Viewer visualisiert Chaos-Game-Repräsentationsdaten aus Nukleotidsequenzen für schnelle, informative Analysen.

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Über dieses Tool

CGR Viewer verarbeitet Nukleotidsequenzen, um Chaos-Game-Repräsentationsplots zu erzeugen. Es akzeptiert einen FASTA-String oder eine Data URL und erzeugt eine skalierbare Visualisierung, die sich für explorative Analysen und publikationsreife Abbildungen eignet.
Konzeptionell codiert CGR die Sequenzzusammensetzung, indem k-mers iterativ auf Punkte innerhalb eines Einheitsquadrats abgebildet werden. Die Dichte der Cluster spiegelt Motive und Sequenzstrukturen wider und deckt Wiederholungen, Biases und vergleichende Muster über Proben hinweg auf.
Nutzer profitieren von einer deterministischen Pipeline, Unterstützung für mehrere Proben und einfachen Exportoptionen. Fortgeschrittene Nutzer können k, Farbschemata und Normalisierung anpassen, um verschiedene Merkmale zu betonen oder sich über eine stabile API-ähnliche Render-URL in Pipelines zu integrieren.
Kernfunktionen umfassen Overlay mehrerer Proben auf einer gemeinsamen Skala, anpassbares k (1–6), SVG- und PNG-Exporte sowie deterministisches Rendering für reproduzierbare Analysen und Lehre. Typische Anwendungsfälle: Genomvergleiche, Validierung von Sequenzdiversität und Erstellung von Visuals für Berichte.

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Wie man es benutzt

Eingaben bereitstellen: Eingabequelle und k angeben;
Optionen konfigurieren: Farbschema festlegen, Overlay-Quellen bei Bedarf aktivieren;
Rendering ausführen: render_svg/render_url erzeugen;
Ausgaben prüfen: Details prüfen;
Exportieren/Teilen: SVG/PNG herunterladen oder Render-URL kopieren.

Frequently Asked Questions

Finden Sie schnelle Antworten

Welche Eingabeformate werden unterstützt?

Das Tool akzeptiert FASTA-Strings oder Data-URLs mit Nukleotidsequenzen. Eingaben müssen A, C, G, T (Großbuchstaben) verwenden. Unklare Zeichen werden unterstützt, wenn konfiguriert; andernfalls führen ungültige Zeichen zu Validierungsfehlern.

Kann ich mehrere Proben überlagern?

Ja. Overlay unterstützt mehrere Eingaben auf gleicher k- und Skala. Die Dichten werden je Quelle farbcodiert und auf einen gemeinsamen Maximalwert normalisiert, um direkte visuelle Vergleiche zu ermöglichen.

Welche Exportformate gibt es?

Standardexports umfassen SVG und PNG mit wählbarer Auflösung. SVG ist Vektorqualität für Publikationen, PNGs unterstützen Transparenz und DPI-Einstellungen, wo verfügbar.

Sind meine Daten privat?

Uploads werden im Backend temporär verarbeitet. Eine langfristige Speicherung erfolgt nicht, es sei denn, der Benutzer speichert Ergebnisse explizit. Die Datenverarbeitung folgt gängigen Datenschutzstandards für transiente Verarbeitung.

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