CGR Viewer

Dirigido a investigadores y docentes, CGR Viewer visualiza datos de Chaos Game Representation a partir de secuencias de nucleótidos para análisis rápidos e informativos.

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Sobre esta herramienta

CGR Viewer procesa secuencias de nucleótidos para generar gráficos de Chaos Game Representation. Acepta una cadena FASTA o una URL de datos y genera una visualización escalable para análisis exploratorios y figuras listas para publicación.
Conceptualmente, CGR codifica la composición de la secuencia mapeando iterativamente k-mers a puntos dentro de un cuadrado unitario. La densidad de puntos refleja motivos y estructura de la secuencia, revelando repeticiones y patrones entre muestras.
Los usuarios se benefician de un flujo de trabajo determinista, soporte para múltiples muestras y opciones de exportación simples. Los usuarios avanzados pueden ajustar k, esquemas de color y normalización para resaltar diferentes características o integrarse en pipelines mediante una URL de renderizado estable similar a una API.
Funciones clave: superposiciones multMuestras en una escala común, k configurable (1–6), exportaciones SVG y PNG y renderizado determinista para reproducibilidad en análisis y enseñanza. Casos de uso típicos: comparaciones de genomas, validación de diversidad de secuencias y creación de visuals para informes.

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Cómo usar

Proporcionar entradas: input_source y k;
Configurar opciones: definir esquema de color, activar fuentes de superposición si es necesario;
Ejecutar renderizado: generar render_svg/render_url;
Revisar salidas: verificar detalles;
Exportar/Compartir: descargar SVG/PNG o copiar URL de render.

Frequently Asked Questions

Encuentre respuestas rápidas

Qué formatos de entrada se soportan?

La herramienta acepta cadenas FASTA o URLs de datos que contengan secuencias de nucleótidos. Las entradas deben usar A, C, G, T (mayúsculas) para el mapeo CGR estándar. Las ambigüedades pueden ser soportadas si se configura; de lo contrario, caracteres no válidos generan errores de validación.

¿Puedo superponer varias muestras?

Sí. El superposición admite varias fuentes en una k y escala comunes. Las densidades están codificadas por color por fuente y normalizadas a un máximo compartido para facilitar comparaciones visuales directas.

¿Qué formatos de exportación hay?

Las exportaciones incluyen SVG por defecto y PNG con resolución seleccionable. SVG es vectorial y adecuado para publicaciones; PNG admite transparencia y opciones DPI cuando están disponibles.

¿Mis datos son privados?

Las cargas se procesan temporalmente en el servidor. No hay almacenamiento a largo plazo a menos que el usuario guarde explícitamente los resultados. El procesamiento sigue prácticas generales de privacidad para procesamiento transitorio.

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