Oligo Analyzer 3.1

Detta verktyg analyserar oligonukleotider som används i primers, probes, adaptorer och sequencing-bibliotek. Det ger viktiga egenskaper såsom smält temperatur (Tm), GC-innehåll, molekylvikt och extinction-koefficient för att stödja designbeslut och QC. Arbetflödet accepterar kanoniska DNA- eller RNA-sekvenser och valfria buffertparametrar för att anpassa beräkningar till verkliga förhållanden.
Konceptuellt matar användaren in sekvensen och anger oligo-typen; motorn tillämpar en närliggande termodynamisk modell med saltkorrigeringar för att uppskatta Tm, beräkna GC-procenten, härleda molekylvikten från nukleotidvikter och uppskatta extinction-koefficienten utifrån basinnehållet. En enkel sekundärstrukturriskbedömning markerar potentiella hairpins eller upprepade motiv som kan påverka prestandan. Resultaten presenteras som numeriska värden samt en kort riskbedömning för att vägleda urval och syntesbeslut.
Värdet med verktyget ligger i sammanförda, reproducerbara mått: en enda sanningens källa för Tm, GC-innehåll, MW och märkningsegenskaper över DNA- och RNA-oligos. Användningsfall inkluderar primer-/probe-design, kloningsflöden, qPCR-uppsättning och bibliotekspreparation där snabb screening och standardiserad rapportering påskyndar utvecklingen och minskar felbeställningar. Avancerade användare kan exportera CSV/JSON-rapporter för integration med designanteckningsböcker och LIMS-pipelines.