Oligo Analyzer 3.1

Dette verktøyet analyserer oligonukleotider som brukes i primers, probes, adapters og sequencing-biblioteker. Det gir viktige egenskaper som smeltet temperatur (Tm), GC-innhold, molekylvekt og extinction-koeffisient for å støtte designbeslutninger og QC. Arbeidsflyten aksepterer kanoniske DNA- eller RNA-sekvenser og valgfrie buffertparametere for å tilpasse beregninger til virkelige forhold.
Konseptuelt skriver brukeren inn sekvensen og angir oligo-typen; motoren bruker en nær-nivå termodynamisk modell med saltkorreksjoner for å estimere Tm, beregne GC-prosenten, avlede molekylvekten fra nukleotidvekter og estimere extinction-koeffisienten ut fra base-sammensetning. Et enkelt sekundærstrukturrisikorflagmer markerer potensielle hairpins eller repeterende motiver som kan påvirke ytelsen. Resultatene presenteres som numeriske verdier og en kort risikovurdering for å veilede utvalg og syntese.
Verdien av verktøyet ligger i konsoliderte, reproducerbare målinger: en kilde til sannhet for Tm, GC-innhold, MW og merkingsmetrikker for DNA- og RNA-oligos. Bruksområder inkluderer primer-/probe-design, kloningsworkflows, qPCR-innstilling og bibliotekforberedelse, hvor rask screening og standardisert rapportering akselererer utviklingen og reduserer feilbestillinger. Avanserte brukere kan eksportere CSV/JSON-rapporter for integrasjon med design-notatbøker og LIMS-pipelines.