Oligo Analyzer 3.1

Deze tool analyseert oligonucleotiden die worden gebruikt in primers, probes, adapters en sequencing-bibliotheken. Het biedt sleutelskenmerken zoals smelttemperatuur, GC-inhoud, moleculair gewicht en extinctiecoëfficiënt om ontwerpbeslissingen en QC te ondersteunen. De workflow accepteert canonieke DNA- of RNA-sequenties en optionele bufferparameters om berekeningen op echte omstandigheden af te stemmen.
Conceptueel voert de gebruiker de sequentie in en specificeert het oligo-type; de engine past een nabijheids-thermodynamisch model met zoutcorrecties toe om Tm te schatten, berekent het GC-percentage, leidt moleculegewicht af uit nucleotide-gewichten en schat de extinctiecoëfficiënt af uit de base-samenstelling. Een eenvoudige secondary-structure-risicobeoordeling geeft mogelijke hairpins of repetitieve motieven aan die de prestaties kunnen beïnvloeden. De resultaten worden gepresenteerd als numerieke waarden plus een beknopte risicobeoordeling om selectiebeslissingen en synthese te sturen.
De waarde van de tool ligt in geconsolideerde, reproduceerbare metrieken: een enkele bron van waarheid voor Tm, GC-inhoud, MW en labeling-metrieken over DNA- en RNA-oligos. Toepassingsgevallen omvatten primer-/probe-ontwerp, cloneer-workflows, qPCR-setup en bibliotheekvoorbereiding, waarbij snelle screening en gestandaardiseerde rapportage de ontwikkeling versnellen en bestel fouten verminderen. Geavanceerde gebruikers kunnen CSV/JSON-rapporten exporteren voor integratie met ontwerpnotitieboeken en LIMS-pijplijnen.