Taxa Converter

Taxa Converter propose une conversion rapide et basée sur des règles des identifiants taxonomiques pour les chercheurs, enseignants et biocurateurs nécessitant une compatibilité inter-bases de données biologiques majeures et des ontologies.

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À propos de cet outil

Taxa Converter offre une cartographie inter-données entre les identifiants, noms et rangs taxonomiques dans les bases de données majeures. Il accepte les entrées sous forme d’ID ou de noms canoniques et renvoie des sorties standardisées avec des scores de confiance pour guider les analyses en aval. Le système repose conceptuellement sur des tableaux de correspondance, des règles de résolution de synonymes et une normalisation des rangs pour produire des références taxonomiques cohérentes. Il prend en charge les recherches simples et le traitement par lots, permettant aux chercheurs d’intégrer les données taxonomiques dans des pipelines avec peu de curation manuelle. Les utilisateurs bénéficient d’une réduction du travail manuel, d’une meilleure qualité des données et d’une préparation plus rapide à la publication. Sa valeur réside dans la combinaison de correspondances bidirectionnelles, de scores de confiance explicites et d’un support étendu des bases de données, assurant une réconciliation taxonomique robuste entre sources. Fonctions clés: (1) mapping source–cible entre NCBI Taxonomy, ITIS, GBIF, Catalogue of Life et WoRMS; (2) recherches nom–ID et ID–nom avec accord de rang; (3) correspondance floue optionnelle avec métriques de confiance; (4) traitement par lot via API ou téléchargements de fichier; (5) sorties prêtes à l’export en JSON, CSV ou TSV. Cas d’utilisation: intégration de données pour publication, curation des métadonnées et jeux de données éducatifs où la cohérence taxonomique est essentielle. Cet outil s’adresse aux bioinformaticiens, aux curateurs et aux chercheurs qui exigent des correspondances trans‑bases fiables et des sorties traçables pour une science reproductible.

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Comment utiliser

Fournir les entrées : saisissez source_taxon ou source_id et choisissez la base de données source.
Choisir la base de données cible ou la direction du mapping.
Lancer la conversion : requête unique ou traitement par lots.
Vérifier les sorties : examiner target_id, target_name, target_rank et la confiance.
Exporter les résultats : enregistrer au format CSV ou JSON pour les pipelines.

FAQ/Ressources supplémentaires

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Quelles entrées sont acceptées ?

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Comment la précision est-elle mesurée ?

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