Extrator de sequências GTF/GFF3

Esta ferramenta recupera sequências nucleotídicas a partir de uma montagem genômica aplicando uma anotação GTF/GFF3. Suporta extração de éxons, CDS, genes ou regiões de transcritos, com orientação de fita opcional e tradução. Pesquisadores fornecem um arquivo FASTA do genoma e um arquivo de anotações; a ferramenta valida coordenadas, resolve limites de características e gera um arquivo FASTA com uma sequência por característica solicitada. É projetado para fluxos de trabalho reproduzíveis e pode ser integrado em pipelines que requerem sequências específicas por características para o design de primers, alinhamento ou análises comparativas.
Conceitualmente, a ferramenta analisa a anotação, mapeia características para coordenadas genômicas, ordena componentes (p. ex., exons dentro de um transcrito) e concatena sequências conforme o tipo de característica. Em fita negativa, sequências são reverse-complementadas quando solicitado. Extensões opcionais permitem contexto upstream/downstream e tradução de CDS para proteína usando o código genético padrão. Saídas podem incluir relatórios de metadados em CSV ou BED para facilitar o processamento downstream.
Principais beneficiários são pesquisadores de genômica, bioinformáticos e instalações centrais que necessitam de recuperação de sequências confiável e reproduzível para descoberta, validação ou automação de pipelines. Separando resolução de características, extração de sequências e tradução opcional, a ferramenta oferece trilha clara e auditable de como cada sequência foi derivada e como as análises posteriores foram geradas.