Extractor de secuencias GTF/GFF3

Esta herramienta recupera secuencias nucleotídicas a partir de una ensamblaje genomico aplicando una anotación GTF/GFF3. Soporta extracción de exones, CDS, genes o regiones de transcritos, con orientación de hebra opcional y traducción. Los investigadores proporcionan un archivo FASTA del genoma y un archivo de anotaciones; la herramienta valida coordenadas, resuelve límites de características y genera un archivo FASTA con una secuencia por característica solicitada. Está diseñada para flujos de trabajo reproducibles y puede integrarse en pipelines que requieren secuencias específicas por características para el diseño de primers, alineación o análisis comparativos.
Conceptualmente, la herramienta analiza la anotación, asigna características a coordenadas del genoma, ordena componentes (p. ej., exones dentro de un transcrito) y concatena secuencias según el tipo de característica. En la hebra negativa, las secuencias se reverse-complementan cuando así se solicita. Extensiones opcionales permiten contexto upstream/downstream y la traducción de CDS a proteínas usando el código genético estándar. Las salidas pueden incluir informes de metadatos en CSV o BED para apoyar el procesamiento downstream.
Los principales beneficiarios son investigadores de genomica, bioinformáticos y establecimientos centrales que necesitan una recuperación de secuencias fiable y reproducible para descubrimiento, validación o automatización de pipelines. Separando la resolución de características, extracción de secuencias y traducción opcional, la herramienta proporciona una trazabilidad clara y auditable de cómo se derive cada secuencia y cómo se generaron los análisis downstream.