GTF/GFF3 Sequence Extractor

כלי מדויק להפקת רצפים מהכנות גנומיות המבוסס על הערות GTF/GFF3, מכוון לאקסונים, CDS או אזורי גנים שלמים.

Tool coming soon!

We're working hard to get this tool ready for you.

Request Feature / Support

3,556+

Total Calculations Run

< 15ms

Browser Execution Speed

100%

Client-Side Privacy

4.9 / 5.0

User Satisfaction

AI Web Tool Generator

Build Your Own Custom Web Calculator in Seconds

Type what tool or calculator you need below. Our AI will build it instantly for your site.

אודות כלי זה

הכלי מאתר רצפי נוקלאוטידים מהתכנים הגנומיים על ידי יישום הערות GTF/GFF3. הוא תומך בהפקה של אקסונים, CDS, גנים או אזורי טרנסקריפט, עם כיווניות שבט אופציונלית ותירגום. החוקרים מספקים קובץ FASTA של הגנום וקובץ הערות; הכלי מאמת כתובות, פותר גבולות מאפיינים ומייצר קובץ FASTA עם רצף לכל מאפיין שנדרש. הוא נועד לזרימות עבודה מחזוריות וניתן לשילוב בצינורות שמצריכים רצפים ספציפיים לפי מאפיין לתכנון פריימרים, alignment או ניתוח השוואתי.
ממד התיאוריה, הכלי מנתח את ההערה, ממפה מאפיינים על קואורדינטות הגנום, מסדר מרכיבים (למשל אקסונים בתוך טרנסקריפט) ומ_concatenates_ רצפים לפי סוג המאפיין. על השרשרת השלילית, הרצפים מומראים ל-reverse-complement כאשר נדרש. תוספים אופציונליים מאפשרים הקשר upstream/downstream והמרה CDS לחלבון באמצעות הקוד הגנטי התקני. התוצרים יכולים לכלול דוחות מטרadata בפורמטים CSV או BED כדי לתמוך בעיבוד בהמשך.
היתרונות העיקריים הם חוקרי גנומיקה, ביואינפורמטיקאים ومתקני תשתית מרכזיים הזקוקים לשחזור רצפים אמין, שחזורי לביצוע מחקר, אימות או אוטומציה בצינורות. בדגש על הפרדת פתרון מאפיינים, הבאת הרצפים והתרגום האופציונלי, הכלי מספק מסלול ברור ומבוקש המתאר איך כל רצף הופק ואיך נוצרו אנליזות בהמשך.

Save your calculation history with a free account

איך להשתמש

ספק קלטים: העלה genome_fasta וקבצי gtf_gff
בחר type מאפיין (exon, CDS, gene) ואם רצוי, מזהי מאפיין או region_filter.
הגדר פרמטרים אופציונליים: strand, הרחבת upstream/downstream, translation, output_format.
הפעל את ההפקה.
הורד ועיין ב-extracted_sequences FASTA ובדוחות.

Frequently Asked Questions

מצא תשובות מהירות

אילו פורמטים נתמכים לכניסה וליציאה?

לקלט נדרש FASTA של הגנום ו-GTF או GFF3 להערות. היציאה מסופקת כספקי FASTA; מטא-נתונים CSV או BED יכולים להופיע לאינטגרציה עם כלים נוספים.

האם CDS יכול להיות מתורגם לחלבונים?

כן. אם התרגום מופעל, רצפי CDS המתועתים מתורגמים לחלבונים בפלט FASTA נפרד.

איך אקסונים מפוצלים או CDS מורכב?

האקסונים ממוינים לפי מבנה טרנסקריפט/גן מ-5' ל-3' על השרשרת; CDS כולל את כל פריטי CDS לפי סדר הטרנסקריפציה. הקטעים על השרשרת השלילית מומרת ל-reverse-complement בעת ההפקה.

מה אם הקואורדינטות של ההערה אינן תואמות ל-FASTA של הגנום?

הכלי מזהה התנגשות ודווח על אזהרות. ההפקה תמשיך רק עבור מאפיינים עם קואורדינטות תקפות; מאפיינים לא תקפים יוקצעו בסיכום.

Need to run multiple calculations?

Create a free account today to unlock unlimited daily runs, access advanced parameters, save your history, and request custom features.

Related Tools

Other useful calculators and utilities you might like

ממיר Spotify ל-MP3

ממיר קבצי שמע מסופקים מקומית ל-MP3, מאפשר האזנה offline ותאימות בין מכשירים למוזיקה בבעלות חוקית ואח...

מחשב מרחק דרך

מחשב מרחק דרך למטיילים, מתכנני לוגיסטיקה ונהגים כדי להעריך במהירות מרחקים וזמן בין מקומות.

מחשבון גיל

קבע במהירות את גיל האדם מבוסס על תאריך הלידה שלו עם המחשבון החינמי שלנו באינטרנט, מתאים לשימוש אישי...

הממיר מטבעות

המיר במהירות סכומים בין מטבעות שונים עם הממיר חינם שלנו, מתאים לנסיעות, עסקים וקונים בינלאומיים.

המשוב שלך חשוב

עזור לנו לשפר