GTF/GFF3 Sekvensuttrekker

Dette verktøyet henter nukleotidsekvenser fra en genom-assemblage ved å anvende en GTF/GFF3-annotering. Det støtter uttrekk av eksoner, CDS, gener eller transkriptregioner, med valgfri strengorientering og oversettelse. Forskere leverer en genom FASTA og en annotasjonsfil; verktøyet validerer koordinater, løser funksjoners grenser og produserer en FASTA-fil med én sekvens per begjært kjennetegn. Det er designet for reproduksjonvennlige arbeidsflyter og kan integreres i pipelines som krever funksjons-spesifikke sekvenser for primerdesign, tilpasning eller sammenlignende analyser.
Konseptuelt analyserer verktøyet annotasjonen, mapper funksjoner til genomkoordinater, ordner komponenter (f.eks. eksoner innen et transkript) og konkatenerer sekvenser etter kjennetegn-type. På neg-strengen omvendt-komplementeres sekvenser når det ønskes. Valgfrie tillegg gir upstream/downstream-context og oversettelse av CDS til protein ved bruk av standard genetisk kode. Utdata kan inneholde metadata-rapporter i CSV- eller BED-formater for å lette videre bearbeiding.
Hovedbrukere er genomikk-forskere, bioinformatiske spesialister og kjernemiljøer som trenger pålitelig, reproduksjonbar sekvensinnhenting for oppdagelse, validering eller pipeline-automatisering. Ved å skille funksjonsoppløsning, sekvensuttrekk og valgfri oversettelse får verktøyet en tydelig, auditable bane for hvordan hver sekvens ble utledet og hvordan etterfølgende analyser ble generert.