GTF/GFF3 Sekvensudtrækker

Dette værktøj henter nukleotidsekvenser fra en genom-assemblage ved at anvende en GTF/GFF3-annotering. Det understøtter udtræk af exons, CDS, gener eller transkriptregioner, med valgfri strengorientering og oversættelse. Forskere leverer en genom FASTA og en annoteringsfil; værktøjet validerer koordinater, løser funktioners grænser og producerer en FASTA-fil med én sekvens per begæret kendetegn. Det er designet til reproducerbare arbejdsgange og kan integreres i pipelines, der kræver funktionsspecifikke sekvenser til primerdesign, tilpasning eller sammenlignende analyser.
Konceptekto nt analyserer værktøjet annoteringen, mapper funktioner til genomkoordinater, ordner komponenter (f.eks. exons inden for en transkript) og sammensætter sekvenser efter kendetegn-typen. På neg-strengen omvendt-komplementeres sekvenser, når det ønskes. Valgfrie udvidelser giver upstream/downstream kontekst og oversættelse af CDS til protein ved brug af standard genetisk kode. Output kan indeholde metadata-rapporter i CSV- eller BED-formater for at lette downstream behandling.
Hovedbrugere er genomikforskere, bioinformatikere og kernefaciliteter, der har brug for pålidelig, reproducerbar sekvensudtrækning til opdagelse, validering eller pipeline-automation. Ved at adskille funktionernes opløsning, sekvensudtræk og valgfri oversættelse får værktøjet en tydelig, auditerbar spor af, hvordan hver sekvens er udledt og hvordan downstream analyser blev genereret.