siRNA-Design-Tool

Das Tool ermöglicht die computergestützte Gestaltung von siRNA-Sequenzen für Genknockdown. Benutzer geben einen Ziel-Transkript oder eine Gen-ID, Spezies und die gewünschte Länge (19–21 nt) an. Das System durchsucht das Zielsegment mit einem Gleitzw- Fenster, erzeugt Kandidatensequenzen und wendet Domänenbeschränkungen an, um Herstellbarkeit und experimentelle Machbarkeit sicherzustellen. Es legt Wert auf Transparenz in der Bewertung und erlaubt es Benutzern, mehrere Kandidatenrunden zu prüfen, Top-Optionen auszuwählen und Ergebnisse für Syntheseplanung zu exportieren. Der Workflow richtet sich an Forscher in Molekularbiologie und Biotechnologie.
Kernlogik kombiniert Schätzungen der Ziel-Effektivität mit Sicherheitsprüfungen. Für jeden Kandidaten berechnet das Tool den GC-Gehalt, vermeidet problematische Motive, bewertet die Seed-Region-Komplementarität und schätzt thermodynamische Eigenschaften. Off-Target-Risiko wird bewertet, indem der Kandidat gegen Referenz-Transkriptome ausgerichtet wird, um nahe Treffer in kodierenden und regulatorischen Regionen zu identifizieren, gefolgt von einer kombinierten Punktzahl. Ausgabergebnisse umfassen die siRNA-Sequenz, Position innerhalb des Transkripts, GC-Gehalt, vorhergesagtes ΔG und einen Off-Target-Score; optionale Annotationen markieren SNPs, Isoformen oder konservierte Regionen. Zielgruppe und Nutzen: akademische Labore, Auftragsforschungsorganisationen und Biotech-Startups, die schnelle, wiederholbare Designzyklen suchen. Das Tool unterstützt Modellorganismen und humane Targets, bietet Exportformate für nachfolgende Validierung und bleibt unabhängig von Downstream-Delivery-Methoden. Zu den Alleinstellungsmerkmalen gehören transparente Bewertungslogik, konfigurierbare Einschränkungen und die Ausrichtung an Standard-Transkript-Referenzen, um reproduzierbares Design über Experimente und Teams hinweg zu ermöglichen. Es führt keine n-Wet-Lab-Validierung oder klinische Richtlinien durch, beschleunigt jedoch in silico-Screening und Priorisierung von Kandidaten für Synthese und Tests.