siRNA-designverktyg

Verktyget möjliggör beräkningsbaserad design av siRNA-sekvenser för genknockdown. Användarna anger måltranskript eller gen-ID, art och önskad längd (19–21 nt). Systemet söker igenom målsekvensen med ett glidande fönster, genererar kandidatssekvenser och tillämpar domänbegränsningar för att säkerställa tillverkbarhet och experimentell genomförbarhet. Det betonar transparens i poängsättningen och låter användare granska flera kandidatrundor, välja toppalternativ och exportera resultat för syntesplanering. arbetsflödet vänder sig till forskare inom molekylärbiologi och bioteknik.
Kärnlogiken kombinerar uppskattningar av on-target- effekt med säkerhetskontroller. För varje kandidat beräknas GC-innehåll, undviks problematiska motiv, bedöms seed-regionens komplementaritet och termodynamiska egenskaper. Off-target-risk bedöms genom alignering mot referens-transkriptomer för att identifiera närliggande träffar i kodande och reglerande regioner, följt av en sammansatt poäng. Utdata inkluderar siRNA-sekvens, plats inom transkriptet, GC-innehåll, förutspått ΔG och en off-target-poäng; frivilliga annoteringar markerar SNPs, isoformer eller bevarade regioner. Målgrupp och värde: akademiska laboratorier, CRO:er och biotech-startups som söker snabba, reproducerbara designcykler. Verktyget stöder modellorganismer och humanmål, erbjuder exportformat för efterföljande validering och är oberoende av downstream-leveransmetoder. Unikhet: transparent poänglogik, konfigurerbara begränsningar och anpassning till standardreferens-transkript, vilket möjliggör reproducerbart design över experiment och team. Det utför inte våtlabbsvalidering eller klinisk vägledning men påskyndar in silico screening och prioritering av kandidater för syntes och tester.