כלי תכנון siRNA

הכלי מאפשר עיצוב חישובי של רצפי siRNA להפחתת ביטוי גנים. המשתמשים מזינים טרנסקריפט יעד או מזהה גן, מין ואורך רצוי (19–21 nt). המערכת עוברת על הרצף היעד עם חלון תזוזה, מייצרת רצפים מועמדים ומשתמשת בהגבלות תחומיות כדי להבטיח יכולת ייצור ומעשיות ניסיונית. הוא מדגיש שקיפות בהערכת הניקוד ומאפשר למשתמשים לבחון סבבי מועמדים מרובים, לבחור אפשרויות מובילות ולייצא תוצאות לתכנון סינתזה. הזרם מכוון למומחיםביולוגיה מולקולרית וביוטכנולוגיה.
הלוגיקה העיקרית משלבת הערכות תועלת על-מטרתית עם בדיקות בטיחות. עבור כל מועמד מחושבים GC, נמנעים מוטיבים בעייתיים, נבדקת התאמת seed ומתואמת תכונות תרמודינמיות. הסיכון Off-target נשקל על ידי השוואה מול טרנסקריפטומים של ייעוד כדי לזהות Hits קרובים באזורים Codings ו-regulatory, ולאחר מכן ציון מורכב. התוצרים כוללים רצף siRNA, מיקום ברצף, GC, ΔG צפוי וציון Off-target; הערות אופציונליות מסמנות SNPs, איזופורמות או אזורים שמורות. קהל יעד: מעבדות אקדמיות, CRO וחברות ביוטכנולוגיה הזקוקות למחזורי תכנון מהירים ומשוחזרים. הכלי תומך במטרות אנושיות ודגמים, מספק פורמטים לייצוא לאימות עתידי ועצמאי ממדיניות משלוח Downstream. היתרונות: לוגיקת ניקוד שקופה, מגבלות ניתנות להגדרה והסתנכרנות עם התייחסות לטרנסקריפט Referenzen, ליצירת תכנון שניתן לשחזר בפרויקטים וצוותים שונים. הוא אינו מחליף ניסוי Wet-lab או הנחיות קליניות אך מאיץ סינון in silico ועדיפות למועמדים לסינתזה ובדיקות.