Kodonoptimering

Detta verktyg tar en kodande DNA-sekvens och en målgäst som indata och returnerar en optimerad sekvens som överensstämmer med värdens codon-användning. Det tillhandahåller även en substitutionslogg och ett sammanfattande betyg för att bedöma uttrycklighet och syntesbarhet. Utdata passar nedströms klonings- och gen-syntesarbetsflöden.
Systemet tilldelar varje aminosyraposition ett föredraget kodon baserat på värdens användningstabell och upprätthåller begränsningar som GC-område och motiv undvikande. Det beräknar ett uttrycksbetyg och registrerar substitutioner, vilket möjliggör reproducerbarhet och spårbarhet över designcykler.
Forskare som designar konstruktioner för E. coli, jäst eller däggdjursceller drar nytta av snabbare designcykler och större tillförlitlighet i uttryck. Verktyget särskiljer sig genom bias-känsliga poängsättning, konfigurerbara begränsningar, batchbehandling och transparent rapportering som kan exporteras till standardformat.
Inmatningsvalidering, värdcodon-tabellstöd, alternativt anpassade tabeller, GC-kontroller, motiffiltrering, batchläge, per-codon karta och export i FASTA och CSV stödjer typiska arbetsflöden för att förbättra uttrycket av en kodande gen i en icke-nativ värd eller för höghastighetssyntespipelines.