Construtor de Modelos

Ajuda investigadores e estudantes a construir e comparar modelos biológicos mecanísticos com conjuntos de parâmetros e interações baseadas em regras.

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About This Tool

Um construtor de modelos orientado ao domínio para biologia e fluxos de trabalho de IA. Permite aos utilizadores definir espécies, interações e leis de velocidade, depois simular dinâmicas e comparar hipóteses. A abordagem enfatiza a representação explícita de unidades, proveniência (provenance) e restrições de parâmetros para manter os resultados auditáveis. Suporta demonstrações educacionais e projetos de pesquisa em escala através de componentes modulares e modelos reutilizáveis.
Internamente, os modelos são armazenados com metadados explícitos, unidades e provenance para garantir a reprodutibilidade entre equipas e ao longo do tempo. O registo assegura nomenclatura consistente, controlo de versões e rastreabilidade de cada componente, enquanto o resolvedor permanece neutro em relação a detalhes de percurso. O sistema integra formatos padrão e pode exportar para SBML ou representações JSON para intercâmbio.
A ferramenta suporta vários paradigmas de modelação (equações cinéticas, redes estequiométricas, representações baseadas em grafos) e exports interoperáveis para análises subsequentes. Permite comparações de cenários através de simulações paralelas, alinhamento de eixos temporais e diff de saídas para evidenciar os efeitos de alterações de parâmetros. Regras de validação detectam incoerências de unidades, reações ausentes ou limites de parâmetros não físicos.

How to Use

Forneça entradas para componentes do modelo (espécies, parâmetros, condições iniciais)
Escolha o paradigma de modelagem e leis de velocidade ou reações
Defina o horizonte de simulação e o passo de tempo
Execute a integração para gerar séries temporais
Compare cenários e exporte saídas

How to use model builder hhmi

Frequently Asked Questions

Find Quick Answers

Quais paradigmas de modelagem são suportados?
A ferramenta suporta modelos cinéticos baseados em reações, redes estequiométricas e representações baseadas em grafos. Os usuários podem misturar paradigmas dentro de um único modelo definindo subsistemas paralelos; o motor traduz todas as definições para uma representação numérica consistente e oferece comparações entre paradigmas.
Posso reutilizar modelos entre projetos?
Sim. Os modelos são salvos com metadados de proveniência, versionamento e restrições de parâmetros. Pode clonar modelos, ajustar cenários e exportar configurações para SBML ou JSON para assegurar a reprodutibilidade entre equipas.
Quais formatos de exportação existem?
As exportações incluem CSV/JSON de séries temporais, XML SBML para interoperabilidade e notas documentando suposições e intervalos de parâmetros. Isto facilita publicação, partilha de dados e importação em simuladores externos.

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