Modellbauer

Ein domänenorientierter Modellbauer für Biologie- und KI-Workflows. ErAllows Benutzern, Spezies, Interaktionen und Reaktionsregeln zu definieren, danach Dynamik zu simulieren und Hypothesen zu vergleichen. Der Ansatz betont die explizite Repräsentation von Einheiten, Herkunft (Provenance) und Parametergrenzen, damit Ergebnisse auditierbar bleiben. Er unterstützt sowohl pädagogische Demonstrationen als auch Forschungsprojekte in größerem Maßstab durch modulare Bausteine und wiederverwendbare Vorlagen.
Intern werden Modelle mit expliziten Metadaten, Einheiten und Provenance gespeichert, um Reproduzierbarkeit über Teams und Zeiträume hinweg sicherzustellen. Das Verzeichnis gewährleistet konsistente Benennung, Versionierung und Nachverfolgbarkeit jedes Elements, während der Solver gegenüber spezifischen Wegdetails neutral bleibt. Das System integriert Standardformate und kann in SBML- oder JSON-Repräsentationen exportieren.
Das Tool unterstützt mehrere Modellierungsparadigmen (kinetische Reaktionsgleichungen, stöchiometrische Netzwerke, graphbasierte Darstellungen) und interoperable Exporte für nachgelagerte Analysen. Es ermöglicht Szenarienvergleiche durch parallele Simulationen, Angleichung der Zeitachsen und Diff-Ausgaben, um Auswirkungen von Parameteränderungen hervorzuheben. Validierungsregeln erfassen Mengeneinheiten-Verstöße, fehlende Reaktionen oder nicht-physikalische Parametergrenzen.