siRNA-ontwerptool

De tool maakt computationeel ontwerp van siRNA-sequenties mogelijk voor genknockdown. Gebruikers geven een doeltranscript of gen-ID, soort en gewenste lengte (19–21 nt) op. Het systeem schuift een venster over de doel- sequentie, genereert kandidaat-sequenties en past domeinbeperkingen toe om producibility en experimentele haalbaarheid te waarborgen. Transparantie in scores staat centraal en gebruikers kunnen meerdere rondes kandidaten beoordelen, topopties kiezen en resultaten exporteren voor syntheseplanning. De workflow is bedoeld voor onderzoekers in moleculaire biologie en biotechnologie.
Kernlogica combineert op-target effectiviteitsschattingen met safety checks. Voor elke kandidaat berekent de tool GC-inhoud, vermijdt problematische motieven, beoordeelt seed-regio complementariteit en schat thermodynamische eigenschappen. Off-target-risico wordt beoordeeld door alignments tegen referentie-transcriptomen om nabijheid van hits te identificeren, gevolgd door een samengestelde score. Output omvat siRNA-volgorde, positie in het transcript, GC-inhoud, voorspeld ΔG en een off-target-score; optionele annotaties markeren SNP’s, isoformen of geconserveerde regio’s. Doelgroep en waarde: academische laboratoria, CRO’s en biotech-startups die snelle, reproduceerbare ontwerpcycli zoeken. Het ondersteunt modelorganismen en humane doelen, biedt exportformaten voor vervolgnvalidatie en blijft onafhankelijk van downstream-delivery-methoden. Unieke waarde: transparante scoring-logica, configureerbare beperkingen en afstemming op standaard-transcript-reference, wat reproduceerbaar ontwerp mogelijk maakt over experimenten en teams. Het voert geen nat-lab-validatie of klinische richtlijnen uit maar versnelt in silico screening en prioritering van kandidaten voor synthese en testen.