Herramienta de diseño siRNA

Esta herramienta permite el diseño computacional de secuencias siRNA para knockdown génico. Los usuarios introducen un transcrito objetivo o ID de gen, especie y longitud deseada (19–21 nt). El sistema recorre la secuencia objetivo con una ventana deslizante, genera secuencias candidatas y aplica restricciones para garantizar la trazabilidad de fabricación y la factibilidad experimental. Se prioriza la transparencia en la puntuación y se permite revisar múltiples rondas, seleccionar las mejores opciones y exportar resultados para la planificación de la síntesis. El flujo está orientado a investigadores en biología molecular y biotecnología.
La lógica central combina estimaciones de eficacia en la diana con verificaciones de seguridad. Para cada candidato, se calcula el contenido GC, se evitan motivos problemáticos, se evalúa la complementariedad de la región seed y se estiman propiedades termodinámicas. El riesgo fuera de objetivo se evalúa alineando el candidato contra transcriptomas de referencia para identificar coincidencias cercanas en regiones codificantes y reguladoras, seguido de una puntuación compuesta. Los resultados incluyen la secuencia siRNA, la posición en el transcrito, GC, ΔG previsto y una puntuación de off-target; anotaciones opcionales destacan SNPs, isoformas o regiones conservadas. Público objetivo y valor: laboratorios académicos, CROs y startups biotecnológicas que buscan ciclos de diseño rápidos y reproducibles. La herramienta admite modelos y dianas humanas, ofrece formatos de exportación para validación posterior y es independiente de métodos de entrega downstream. Sus ventajas: puntuación transparente, restricciones configurables y alineación con referencias transcriptómicas estándar, para un diseño reproducible entre experimentos y equipos. No realiza validación en laboratorio ni guía clínica, pero acelera el cribado in silico y la priorización de candidatos para síntesis y pruebas.