PCR Tool

Uno strumento web per progettare primer PCR e simulare l'amplificazione, utile per stimare proprietà dei primer e risultati dell'amplicone prima degli esperimenti.

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Informazioni su questo strumento

Scopo e ambito: Lo Strumento PCR offre un flusso di lavoro online per progettazione di primer e simulazione in silico di amplificazione. Accetta sequenze di DNA o coordinate genomiche e guida gli utenti nella scelta dei parametri per generare candidati primer conformi a vincoli comuni degli assay. Il pubblico target sono ricercatori, studenti e tecnici di laboratorio che hanno bisogno di controlli rapidi e ripetibili prima di ordinare primer o allestire esperimenti. L'accento è posto su calcoli trasparenti e verificabili e sul supporto di organismi modello diffusi. Concentrandosi sui parametri chiave di design, aiuta gli utenti a evitare amplificazione non specifica e coppie di primer subottimali nella fase iniziale di sviluppo.

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Come usare

Fornire input: inserire una sequenza bersaglio o coordinate genomiche, scegliere organismo e genoma di riferimento e impostare vincoli come dimensione desiderata dell'amplicone e lunghezza dei primer.
Scegliere metodo: selezionare Modalità Progettazione primer o In Silico PCR.
Avviare il calcolo: avviare progettazione primer e simulazione di amplificazione.
Esaminare gli output: esaminare i candidati primer con Tm, GC%, potenziali hairpin o dimers e posizioni di amplicone previste.
Esportare i risultati: scaricare in CSV/JSON o copiare sequenze per l'ordine.

Frequently Asked Questions

Trova risposte rapide

Quali input sono richiesti?

Input essenziali includono una sequenza bersaglio o coordinate genomiche, l'organismo o riferimento del genoma e la dimensione desiderata dell'amplicone e intervalli di lunghezza dei primer. Vincoli opzionali includono GC% e finestre di Tm.

Quali output vengono prodotti?

Lo strumento restituisce candidati primer con sequenze e metriche (Tm, GC%), flag di self-dimer e hairpin e coordinate o dimensioni previste dell'amplicone. I risultati possono essere esportati in CSV o JSON.

È adatto al multiplex o al design di sondette?

Principale destinazione: selezione primer e PCR in silico; il multiplex è supportato sotto vincoli, ma per design complessi di sonde o grandi pannelli multiplex sono consigliate ulteriori convalide.

Quali organismi sono supportati?

Lo strumento supporta organismi modello comuni e qualsiasi genoma fornendo una referenza; la performance dipende dalla disponibilità e dall'accuratezza della referenza. Non garantito per tutte le specie.

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