Oligo Analyzer 3.1

Questo strumento analizza oligonucleotidi usati in primer, sonde, adattatori e librerie di sequenziamento. Fornisce proprietà chiave come temperatura di fusione, contenuto GC, peso molecolare e coefficiente di estinzione per supportare decisioni di progettazione e controllo qualità. Il flusso accetta sequenze canonical DNA o RNA e parametri tampone opzionali per adattare i calcoli a condizioni reali.
Concettualmente l’utente inserisce la sequenza e specifica il tipo di oligo; il motore applica un modello termodinamico vicinato con correzioni al sale per stimare Tm, calcolare la percentuale GC, derivare il peso molecolare dai pesi dei nucleotidi e stimare il coefficiente di estinzione dalla composizione delle basi. Un semplice indicatore di rischio di struttura secondaria segnala potenziali hairpin o motivi ripetitivi che possono influire sulle prestazioni. I risultati sono presentati come valori numerici e una breve valutazione del rischio per guidare le decisioni di selezione e sintesi.
Il valore dello strumento risiede in metriche consolidate e riproducibili: una fonte unica di verità per Tm, contenuto GC, MW e metriche di etichettatura per oligos DNA e RNA. I casi d’uso includono progettazione di primer/probe, flussi di clonaggio, impostazione qPCR e preparazione di librerie, dove screening rapido e reporting standardizzato accelerano lo sviluppo e riducono errori di ordine. Gli utenti avanzati possono esportare rapporti CSV/JSON per integrazione con taccuini di progettazione e pipeline LIMS.