Estrattore di sequenze GTF/GFF3

Questo strumento recupera sequenze nucleotide da un assemblaggio genomico applicando un’annotazione GTF/GFF3. Supporta l’estrazione di esoni, CDS, geni o regioni di trascritti, con orientamento di strand opzionale e traduzione. I ricercatori forniscono un file FASTA del genoma e un file di annotazioni; lo strumento valida le coordinate, risolve i confini delle caratteristiche e genera un file FASTA con una sequenza per ciascuna caratteristica richiesta. È progettato per flussi di lavoro riproducibili e può integrarsi in pipeline che richiedono sequenze specifiche per caratteristiche per la progettazione di primer, allineamento o analisi comparative.
Concettualmente, lo strumento analizza l’annotazione, mappa le caratteristiche alle coordinate genomiche, ordina i componenti (ad es. gli esoni all’interno di un trascritto) e concaten a le sequenze in base al tipo di caratteristica. Sullo strand negativo, le sequenze vengono reverse-complementate quando richiesto. Estensioni opzionali consentono contesto upstream/downstream e la traduzione di CDS in proteine utilizzando il codice genetico standard. Le uscite possono includere rapporti di metadata in CSV o BED per supportare l’elaborazione a valle.
I principali beneficiari sono ricercatori di genomica, bioinformatici e strutture centrali che necessitano di un recupero di sequenze affidabile, ripetibile per scoperte, validazioni o automazione delle pipeline. Separando risoluzione delle caratteristiche, estrazione di sequenze e traduzione opzionale, lo strumento fornisce una traccia chiara e verificabile di come ogni sequenza è stata derivata e come sono state generate le analisi successive.