DNA Chisel

DNA Chisel הוא כלי ממוקד-תחום האופטימיזציה של רצפי DNA מקודדים כדי לאזן בין פוטנציאל הביטוי ליצרנות. הוא מקבל רצף DNA, אורגניזם מארח יעד וקבוצת מגבלות (GC, מוטיבים אסורים והעדפות שימוש Codon), ומוציא רצף אופטימלי התואם למארח המבוקש. באופן מושגי, המנוע כותב Codons סינונימיים בצורה איטרטיבית ומסיר אזורים בעייתיים תוך שמירה על החלבון המוצפן כשנדרש. כך נוצרים רצפים הסבירו לבוא לביטוי יעיל ולעבור בדיקות סינתזה. כלי זה מועיל לביולוגים מולקולריים, ביולוגים סינתטיים וארגונים פרטיים-מחקריים שמעצבים קונסטרוקטים גנטיים, פלסמידים או מסלולי מטבוליזם. הערך הייחודי טמון בשילוב שימוש Codon מותאם למארח יחד עם בקרות מוטיבים ואתרי הגבלה מפורשות, מה שמאפשר חקר מהיר של מרחב העיצוב ללא ניסויי ניסוי-וניסוי. תכונות מרכזיות: התאמת codon לפי מארח, בקרת GC, הימנעות ממוטיבים ואתרי הגבלה ומצב שמירה על החלבון כבחירה. מקרים שימושיים כוללים אופטימיזציית ביטוי ב-E. coli או פטרייה, עיצוב מחדש של פלסמידים לסינתזה תואמת, ופרויקטים מרובי תוצרים הדורשים כללי עיצוב עקביים לזרימת עבודה בהמשך.
הכלי תומך בעיבוד בטלאות עבור מספר רצפים, פלטים מוכנים לייצוא וחבילת ניקוד שמדווחת על שימוש CAI-like, אחוז GC והאותות של סיכון סינתזה.