Convertisseur VCF en CSV

Le Convertisseur VCF-CSV convertit les données de variantes VCF en un format CSV tabulaire, adapté aux analyses dans des feuilles de calcul, bases de données et outils BI. Les entrées se font soit par téléchargement de fichier VCF, soit par collage de texte VCF, et le CSV produit inclut des champs clés tels que CHROM, POS, ID, REF, ALT, QUAL, FILTER, INFO et FORMAT, avec éventuellement des colonnes par échantillon. Pour les enregistrements multi-allèles, les ALT peuvent être étendus en lignes séparées ou conservés dans un seul champ selon la configuration. Les champs INFO peuvent être étendus en colonnes distinctes ou conservés dans une colonne encodée. Des options avancées permettent un mappage de colonnes ciblé, un ordre personnalisé des colonnes CSV, la conversion des valeurs INFO numériques en types numériques et l’application de filtres simples pour inclure uniquement les enregistrements correspondant à des critères. Le convertisseur n’effectue pas d’annotation de variants; l’objectif est la conversion de format et des données prêtes pour le tableau.

En coulisse, l’outil utilise un parseur en streaming robuste pour traiter de grands fichiers VCF sans les charger entièrement en mémoire. Il valide la syntaxe VCF, normalise les valeurs numériques et assure un encodage CSV correct. Lors de l’extension INFO, les paires clé=valeur sont analysées et placées dans des colonnes dédiées si sélectionné. Si l’extension des données d’échantillon est activée, les champs FORMAT/SAMPLE peuvent apparaître en tant que colonnes distinctes ou être omis pour un tableau compact. Le séparateur de sortie peut être défini sur une virgule ou une tabulation pour compatibilité TSV. Le convertisseur préserve également les lignes d’en-tête du fichier VCF (commençant par #) lors de l’export, afin de conserver le contexte pour les pipelines ultérieurs.